Substrats enzymatiques \banque de peptides FRET (21)
Chaque substrat (Code 3701-v – Code 3719-v) de la série FRETS-25Xaa contient un groupe 2-(N-méthylamino)benzoyl (Nma) hautement fluorescent lié à la chaîne latérale du résidu d'acide D-2,3-diaminopropionique (D-A2pr) N-terminal, qui est efficacement éteint par un groupe 2,4-dinitrophényle (Dnp) lié à la fonction de la Lys. Xaa représente une position fixe de chacun des 19 acides aminés naturels à l'exclusion de la Cys (indiqué dans le nom du produit Code 3701-v – Code 3719-v). Un mélange de 5 résidus d'acides aminés (P, Y, K, I et D) se trouve à la position Yaa, ainsi qu'un mélange de 5 résidus d'acides aminés (F, A, V, E et R) à la position Zaa pour chaque Xaa fixe. Ceci fournit un mélange peptidique de 25 combinaisons de chaque série Xaa, ce qui donne une bibliothèque combinatoire totalisant 475 substrats peptidiques. Les groupes Nma et Dnp sont tous deux liés à la chaîne latérale des résidus individuels, ce qui permet de déterminer le site de clivage par une enzyme spécifique par analyse spectrométrique de masse et par dégradation d'Edman. La réaction enzymatique doit être terminée en utilisant un inhibiteur approprié ( Leupeutine , E-64 ou Pepstatine A ). Nous avons confirmé que les séries FRETS-25Xaa sont efficacement utilisées pour le dosage de nombreuses protéases telles que la trypsine, la chymotrypsine, l'élastase, la thrombine, la papaïne, la calpaïne, la pepsine et la thermolysine. Cependant, elles n'ont pas bien fonctionné pour le dosage de la caspase-3, probablement parce qu'elles n'ont que trois sites modifiables (Zaa-Yaa-Xaa) dans chaque substrat (déficience du site P4). Ce fait implique que la série FRETS-25Xaa pourrait ne pas être applicable au dosage d'une enzyme ayant une large gamme de sites d'interaction avec le substrat.
